Tras abandonar su sueño de unirse a las Fuerzas de Defensa, el trabajo de Kafka Hibino consiste en deshacerse de los cadáveres de Kaiju. Los recuerdos de su amiga Mina Ashiro, capitana de la Fuerza, le persiguen.
Kafka se prepara para un último intento de entrar a la academia de defensa y decide no usar los poderes de kaiju, lo que podría jugar en contra de sus probabilidades de ingresar.
Durante el examen de la división de defensa, Shinomiya parece estar arrasando con todo sin que Kafka pueda hacer algo, hasta que misteriosamente, las circunstancias cambian radicalmente.
Kafka es ahora miembro de las Fuerzas de Defensa, aunque no de pleno derecho. Pero Hoshina le dice que tiene tres meses para demostrar su valía antes de ser despedido.
Kafka redobla esfuerzos para estar al nivel de sus compañeros, cuando repentinamente es momento de su primera prueba real, al enfrentar su primera misión en el escuadrón de defensa.
Transformado en Kaiju para salvar a sus amigos, Kafka se enfrenta a Hoshina, quien lo ataca sin descanso. Se desarrolla una apasionante batalla mientras Kafka lucha por sobrevivir.
La base de Tachikawa sufre un devastador ataque aéreo por parte de un poderoso Kaiju, lo que obliga a las Fuerzas de Defensa a enfrentarse a la monstruosa amenaza.
